Pipelines Metabarcoding • 16s • 18s • its

Zet ruwe reads om in bruikbare inzichten in enkele minuten

Selfservice bio-informatica voor microbioomonderzoekers. Upload je FASTQ-bestanden, kies je pipeline en verken interactieve rapporten — geen commandoregel nodig.

Geen creditcard nodig Resultaten binnen uren Beveiliging op ondernemingsniveau
Waarom Silicobiome

Alles wat je nodig hebt voor amplicon-analyse

Van ruwe sequencingdata tot publicatieklare figuren

FASTQ

Drag-and-drop upload

Sleep FASTQ-bestanden rechtstreeks naar de browser. Paired-end, gemultiplexte en gzip-gecomprimeerde archieven — alles automatisch verwerkt.

CONFIG

Aangepaste pipelines

Pas je bio-informaticapipeline aan door je ampliconmarkers, adapters en primers te specificeren. Alle downstream-parameters worden automatisch geoptimaliseerd voor je gekozen assay.

VIZ

Kwaliteitsrapporten

Ontvang volledige QIIME 2-compatibele outputs: alfa/bèta-diversiteit, PCoA-plots, taxonomie-staafdiagrammen, fylogenetische bomen, feature-tabellen en QC-rapporten.

GDPR

Enterprise-beveiliging

Toegewijde on-premise infrastructuur. AES-256-versleuteling. AVG-conform. Automatisch verwijderingsbeleid. Je data verlaat nooit onze beveiligde omgeving.

DB

SILVA / UNITE

Volledige taxonomische toewijzing met de nieuwste referentiedatabases voor bacteriën, eukaryoten en schimmels, voor alle ampliconsoorten.

FAST

Resultaten in < 2 uur

Dankzij onze eigen schaalbare infrastructuur worden de meeste standaarddatasets binnen 2 uur volledig verwerkt.

Hoe het werkt

Van ruwe reads naar resultaten in 5 stappen

1
FASTQ • FQ.GZ

Importeer je data

Sleep FASTQ-bestanden naartoe. Wij doen de rest.

2
16S • 18S • ITS

Configureer de pipeline

Kies 16S, 18S of ITS. Stel adapters en trimmers in, wij optimaliseren de rest.

3
< 2 Uur

Voer de pipeline uit

Onze eigen infrastructuur schaalt automatisch om je dataset binnen 2 uur te verwerken.

4
FLEXIBEL

Betaal per run

Geen abonnement nodig. Betaal alleen voor de analyses die je uitvoert. Vaste-tarief enterprise-plannen ook beschikbaar.

5
INTERACTIEF

Verken de resultaten

Interactieve diversiteitsgrafieken, taxa-staafdiagrammen, PCoA-ordinaties en rarefactiecurves — allemaal downloadbaar en deelbaar.

Probeer het nu

Voer je eerste pipeline uit Zonder aan te melden

Upload je FASTQ's, kies je markers en zie hoe Silicobiome diversiteitsresultaten oplevert.

Geen account nodig
Betaal pas als resultaten beschikbaar zijn
Directe prijsberekening
Zie outputmetrics onmiddellijk
Analysepipelines

Speciaal gebouwd voor elk ampliconstype

Kies uit gevalideerde pipelines voor 16S-, 18S- en ITS-ampliconsequencing. Elk is geoptimaliseerd voor het doelmarkergen en de referentiedatabase.

Bacteriën & Archaea

16S rRNA-pipeline

De gouden standaard voor het profileren van bacteriële gemeenschappen. Onze pipeline ondersteunt V3-V4, met aangepaste primerparen en op DADA2 gebaseerde ASV-inferentie en SILVA-taxonomie.

Referentiedatabases
SILVA
Typische doorlooptijd
~1 uur (10 monsters)
Pipelinestappen
  1. 01Kwaliteitscontrole (FastQC + MultiQC)
  2. 02Primer-trimming (Cutadapt)
  3. 03Samenvoegen van paired reads (VSearch)
  4. 04Parameterschatting (Figaro)
  5. 05Filtering en denoising (DADA2)
  6. 06Taxonomische classificatie (SILVA & NCBI)
  7. 07Alignment en fylogenie
  8. 08Diversiteitsanalyse
Prijzen

Schaal mee met je onderzoek

Geen verborgen kosten. Betaal per monster, of kies een abonnement voor lagere kosten per analyse en voorrang bij verwerking.

Pay-as-you-go Aanbevolen

Configureer alleen wat je nodig hebt en keur de offerte goed voordat er iets start.

Vanaf €5 / monster

Prijs berekend bij configuratie

Kosten zijn afhankelijk van pipelinetype, aantal monsters, referentiedatabases en aangepaste classifiers. Je ziet de volledige offerte voordat je de run start.

Configureer en bekijk prijs
Prijs is afhankelijk van
Pipelinetype16S - 18S - ITS
Aantal monsters1 - onbeperkt
ReferentiedatabaseSILVA - UNITE
AnalysediepteDiversiteit - Taxonomie - Aangepast
Exacte offerte wordt getoond voordat de pipeline start. Betaal pas na voltooiing.
Of kies een abonnement — ideaal voor teams met terugkerend analysevolume
Lab

Voor groeiende labs met hoge doorvoerbehoeften en herhaalbare workflows.

€499 / maand
Contact verkoop
  • 275 monsters per maand
  • 16S-, 18S- en ITS-pipelines
  • Geen extra kosten voor aangepaste classifiers
  • Voorrang in de verwerkingswachtrij
  • Publicatieklare exports
  • E-mail- en bereikbaarheidsondersteuning
Instelling

Voor centrale faciliteiten en multi-teamomgevingen met geavanceerde compliance-eisen.

Op maat
Contact verkoop
  • Onbeperkt aantal monsters
  • 16S-, 18S- en ITS-pipelines
  • Geen extra kosten voor aangepaste classifiers
  • Nog meer voorrang in de verwerkingswachtrij
  • Publicatieklare exports
  • E-mail- en bereikbaarheidsondersteuning
  • Toegewijde support-engineer
Abonnementen — Beschikbaar vanaf 15 september

Veelgestelde vragen

Snelle antwoorden over eigendom van data, doorlooptijd, ondersteunde formaten en implementatieopties voordat je start met analyseren.

Praat met ons
Van wie zijn de gegevens die ik upload?
Je behoudt volledig eigendom van alle geüploade sequencingdata, metadata en gegenereerde outputs. Silicobiome verwerkt de bestanden alleen om de geselecteerde analyses uit te voeren.
Hoe snel krijg ik mijn resultaten?
De meeste standaard 16S-, 18S- en ITS-runs zijn binnen 2 uur voltooid; de doorlooptijd hangt af van het aantal monsters, de complexiteit van de pipeline en de beschikbaarheid van onze infrastructuur.
Welke invoerformaten worden ondersteund?
Silicobiome ondersteunt FASTQ, FQ en gzip-gecomprimeerde FASTQ-archieven voor monsters. .qza wordt ondersteund voor aangepaste classifiers.
Kan ik de analyseparameters aanpassen?
Ja. Je kunt adapters, primers en aangepaste classifiers configureren voordat je een run start. Downstream-analyseopties worden geoptimaliseerd voor je gekozen assay.
Wat gebeurt er als een pipeline mislukt?
Als een pipeline je data niet kan verwerken, kun je de run herconfigureren of ons supportteam vragen deze opnieuw te verwerken. Geen kosten bij een mislukte pipeline, je betaalt alleen wanneer resultaten beschikbaar zijn.
Kan ik Silicobiome on-premise inzetten?
Nee. Silicobiome is een eigen technologie van STAB VIDA en is uitsluitend als dienst beschikbaar.

Klaar om je microbioomonderzoek te versnellen?

Sluit je aan bij honderden onderzoekers die Silicobiome gebruiken om ruwe sequencingdata om te zetten in bruikbare inzichten.

Geen creditcard nodig Geen account nodig Betaal pas als resultaten beschikbaar zijn